Sebbene la spirulina sia generalmente considerata sicura per la maggior parte delle persone, alcuni dovrebbero evitare di assumerla o consultare un professionista sanitario prima di farlo.
Le persone allergiche ai frutti di mare o sensibili alle alghe possono sviluppare una reazione alla spirulina. Inoltre, le persone con un background allergico o una vulnerabilità muscolare o epatica, o che soffrono di fenilchetonuria, una rara malattia genetica, dovrebbero evitare la spirulina a causa del suo contenuto di fenilalanina. Anche le donne in gravidanza o in allattamento dovrebbero consultare il medico prima di assumere integratori di spirulina.