Sebbene sia generalmente considerata sicura e ben tollerata, esistono alcune controindicazioni all'uso della Melissa. Le donne in gravidanza e in allattamento e i bambini di età inferiore ai 12 anni dovrebbero astenersi dall'assumerla, come misura precauzionale.
Allo stesso modo, le persone affette da ipotiroidismo possono essere controindicate. Test in vitro hanno dimostrato che l'estratto acquoso di Melissa può inibire il TSH, un ormone che stimola la ghiandola tiroidea. Tuttavia, non sono stati descritti effetti avversi di tipo tiroideo.
La Melissa è inoltre sconsigliata per le attività ad alto rischio a causa del suo effetto sedativo.
Infine, l'uso prolungato della Melissa va evitato perché può rallentare l'attività delle ghiandole sessuali.
Si consiglia di consultare un professionista della salute prima di iniziare a prendere la Melissa, soprattutto per le persone affette da queste controindicazioni.