Déséquilibre de la flore microbienne : Causes et solutions naturelles pour la préserver

Le corps humain abrite pas moins de 100 000 milliards de bactéries ! Composé de milliers d’espèces différentes, notre microbiote représente un véritable écosystème au sein même de notre organisme. Et ce qui est sûrement le plus intrigant, c’est que tous ces micro-organismes sont nécessaires pour que notre corps fonctionne à son plein potentiel. Le moindre déséquilibre peut entraîner toutes sortes de perturbations.

Quelles sont les causes d’un déséquilibre de la flore microbienne ? À quoi reconnaît-on une dysbiose ? Et comment rééquilibrer sa flore naturellement ? Nous faisons le tour du sujet dans cet article.

Par La rédaction Aroma-Zone

Mis à jour le 23/04/2025 Temps de lecture : +4 min.

Sommaire

C'est quoi la flore microbienne ? Qu'est-ce que le déséquilibre de la flore microbienne ? Quelles sont les causes d’un déséquilibre de la flore microbienne ? Quels sont les symptômes d'une flore microbienne déséquilibrée ? Comment rééquilibrer la flore avec des solutions naturelles ? Précautions d'usage Conseil de l'expert En savoir plus Zoom sur notre rédactrice spécialisée, Amandine GRANGER

C'est quoi la flore microbienne ?

Le microbiote est un ensemble de micro-organismes présents sur la peau, les intestins et l’ensemble des muqueuses. Il est composé essentiellement de bactéries, mais on retrouve également des virus, parasites et champignons. Ces micro-organismes sont dits commensaux. Cela veut dire qu’ils se nourrissent des déchets produits par notre corps sans pour autant être nuisibles.

La flore microbienne constitue un véritable écosystème indispensable au bon fonctionnement de notre organisme. Elle commence à s’implanter dès notre naissance et continue de se développer pendant les 2 premières années de vie. Un accouchement par voies basses et l’allaitement maternel jouent un rôle prépondérant dans l’acquisition d’une diversité de bactéries bénéfiques. Tout comme l’empreinte digitale, chaque personne possède une flore microbienne unique.

Les rôles du microbiote au sein de notre corps sont multiples :

Rôle immunitaire : En 1re ligne de défense de notre organisme, il forme une véritable barrière protectrice contre les agents pathogènes extérieurs.
Rôle nutritif : Certaines bactéries nous apportent des nutriments essentiels, tels que la vitamine B2, B3 et B5, la vitamine K et quelques acides aminés.
Rôle digestif : La flore intestinale participe également à la digestion et favorise l’assimilation de certains nutriments.

Ces micro-organismes vivent dans un environnement spécifique. Ainsi, on retrouve des espèces différentes au niveau de la peau, du vagin, de la sphère ORL, des poumons et des intestins. Chaque flore a un rôle bien particulier.

Qu'est-ce que la flore cutanée ?

Le microbiote cutané est composé de plus de 1000 milliards de micro-organismes. Tout ce petit monde vit à la surface de notre épiderme. L’ensemble de ces bactéries, virus, champignons et parasites protègent notre peau des infections. Un déséquilibre de cet écosystème peut entraîner diverses problématiques cutanées. C’est pourquoi il est souvent recommandé d’utiliser un soin nettoyant au pH neutre pour sa toilette et d’éviter de se laver trop souvent.

Qu'est-ce que la flore vaginale ou flore de Döderlein ?

La flore vaginale, aussi appelée flore de Döderlein, est composée à 90 % de lactobacilles. Ces bactéries colonisent toute la paroi vaginale créant un environnement protecteur contre les agents pathogènes. Les 5 % restants sont constitués d’autres espèces, on y retrouve notamment le fameux candida albicans. C’est ce dernier qui est responsable des mycoses vaginales lorsqu’il prolifère en excès.

Les lactobacilles produisent de l’acide lactique qui permet de garder un ph acide (entre 3,8 et 4,5) au niveau du vagin. C’est cette acidité qui limite la propagation de mauvaises bactéries et autres micro-organismes pathogènes.

Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal est la flore la plus importante de tout notre organisme. Notre tube digestif contient 1012 à 1014 micro-organismes. Une petite anecdote peut vous aider à imaginer la quantité que cela représente : nous avons autant de bactéries dans notre système digestif que de cellules qui composent notre corps !

Présents en majorité dans le côlon, ces micro-organismes colonisent l’ensemble des parois de l’estomac et de l’intestin. Leur équilibre est essentiel pour une santé optimale. L’étude du microbiote intestinal est d’ailleurs au cœur de nombreuses recherches médicales pour mieux comprendre le rôle d’une dysbiose dans certaines maladies.

Qu'est-ce que le déséquilibre de la flore microbienne ?

Le déséquilibre du microbiote, ou dysbiose, est un déséquilibre entre les différentes espèces de micro-organismes. L’écosystème est perturbé, ce qui crée des répercussions sur notre organisme.

L’origine d'un déséquilibre du microbiote peut être de trois ordres :

Une prolifération du nombre d’agents pathogènes
Une diminution du nombre de bonnes bactéries
Une diminution de la diversité des espèces au sein de la flore

Une dysbiose intestinale peut engendrer une quantité excessive de bactéries inflammatoires. Leur présence active certaines cellules immunitaires inflammatoires, comme les cytokines. L’inflammation locale générée favorise alors la perméabilité intestinale. Lorsque l’intestin devient perméable, certaines molécules traversent la paroi intestinale et se retrouvent dans la circulation sanguine. Elles provoquent à leur tour de l’inflammation dans les tissus voisins. Cette inflammation peut être très délétère pour l’organisme et faire le nid des maladies auto-immunes et des maladies inflammatoires.

Quelles sont les causes d’un déséquilibre de la flore microbienne ?

La constitution de notre microbiote se stabilise vers l’âge de 2 ou 3 ans. Toutefois, différents facteurs, liés en grande partie à notre mode de vie, peuvent le faire évoluer. C’est notamment le cas de :

Un déséquilibre alimentaire : Les excès de sucre, protéines, farine de blé et produits transformés favorisent la prolifération des mauvaises bactéries au sein de notre organisme. C’est aussi le cas des pesticides et additifs que l’on retrouve malheureusement souvent dans notre alimentation.

Les prises de médicaments : Les traitements antibiotiques permettent de tuer les bactéries responsables d'une infection. Cependant, ils ne font pas de distinction et participent également à la suppression des bonnes bactéries.

Le stress : L’intestin et le système nerveux sont directement reliés par le nerf vague. Le stress est donc un facteur qui influe sur la composition de notre flore. Des recherches ont également démontré, qu’à l’inverse, notre microbiote avait aussi un impact sur nos émotions et notre bien-être mental. Une dysbiose intestinale peut ainsi engendrer une plus grande sensibilité au stress et à la dépression.

Les fluctuations hormonales : Dans une moindre mesure, les hormones, en particulier les œstrogènes et la testostérone, peuvent faire varier le microbiote.

Le tabac et l'alcool : La consommation de tabac et d'alcool nuit également aux bonnes bactéries présentes dans notre organisme.

Les déséquilibres de la flore vaginale peuvent aussi être favorisés par certains facteurs, tels que :

Une sécheresse vaginale
La prise de spermicide
L’utilisation inadaptée de tampons hygiéniques
L’excès de toilette intime
Un soin lavant inadapté

Quels sont les symptômes d'une flore microbienne déséquilibrée ?

Les symptômes d’un microbiote déséquilibré varient d’une personne à l’autre et en fonction de la sévérité de la dysbiose. On retrouve malgré tout un ensemble de manifestations caractéristiques d’un déséquilibre.

Mauvaise haleine
Langue chargée
Ballonnements
Constipation
Diarrhée
Spasmes intestinaux
Flatulences
Reflux
Fatigue
Sensibilité au stress

Symptômes d'un déséquilibre de la flore intime

Pertes épaisses blanches en dehors des périodes normales du cycle menstruel *
Odeurs désagréables au niveau des parties intimes
Démangeaisons de la vulve et du vagin
Sensation de brûlures
Douleurs vulvaires
Vaginose bactérienne
Mycose vaginale
Infection urinaire

Comment rééquilibrer la flore avec des solutions naturelles ?

L'alimentation : première alliée d'une flore équilibrée

L’alimentation joue un rôle crucial dans l’équilibre de notre flore. En effet, c’est en grande partie à partir de ce que nous mangeons que le microbiote se développe. Bien choisir ses aliments pour restaurer sa flore intestinale est donc la première chose à faire.

Pour favoriser le développement des bonnes bactéries, privilégiez une alimentation riche en fruits, légumes et céréales complètes. Intégrez également des aliments fermentés qui contiennent des probiotiques naturels bénéfiques pour la flore. Les plus connus sont les yaourts, mais il y aussi la choucroute, le kéfir, le kombucha et le miso (pâte de soja fermenté).

Vous pouvez aussi choisir de faire vous-même vos bocaux de légumes lactofermentés. Si vous ne l’avez encore jamais fait, découvrez notre guide pour apprendre comment faire de la lactofermentation.

Enfin, limitez autant que possible les excès de protéines, de sucre et de produits transformés. La suppression du gluten améliore considérablement les problèmes de transit.

Hygiène de vie : les bons gestes à adopter pour préserver sa flore intime

Certaines bonnes habitudes contribuent à préserver le bon équilibre de votre flore intime. Voici quelques conseils :

Choisissez un produit nettoyant doux et sans parfum comme la Base lavante neutre Aroma-Zone.
Évitez de faire votre toilette avec une fleur de douche ou un gant qui peuvent être source de germes indésirables.
Portez des sous-vêtements en coton pour une meilleure ventilation.
Évitez les vêtements trop serrés.
Urinez après chaque rapport sexuel.

Pour aller plus loin, retrouvez tous nos conseils et solutions naturelles pour une toilette intime respectueuse de sa flore vaginale.

Les hydrolats au service d’un meilleur confort digestif

En complément d’une alimentation saine et variée, certains hydrolats permettent de purifier le système digestif. Pour cela, vous pouvez les utiliser en cure de 3 semaines en buvant 1 L d’eau par jour dans lequel vous ajoutez 2 cuillères à soupe d’hydrolat.

L’hydrolat de Laurier noble

Purifiant et apaisant, l'hydrolat de Laurier noble permet de lutter efficacement contre les inconforts digestifs. Il contribue également à un meilleur fonctionnement du système immunitaire.

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L’hydrolat de Thym à linalol

Grâce à ses propriétés antifongiques et antiparasitaires, l'hydrolat de Thym à linalol aide à nettoyer et détoxifier le système digestif. Comme le Laurier noble, il participe au renforcement du système immunitaire.

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L’hydrolat de Cannelle

Antibactérienne, antivirale et antifongique, la Cannelle est une précieuse alliée dans la gestion des infections. Elle facilite aussi la digestion et soulage les lourdeurs d'estomac.

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Précautions d'usage

Les hydrolats sont des produits sensibles qui ne contiennent aucun conservateur. De ce fait, il est nécessaire de les conserver au réfrigérateur et de les consommer dans les 6 mois après ouverture.

Conseil de l'expert

Si vous présentez certains symptômes d'une dysbiose intestinale, il peut être intéressant de consulter un naturopathe. À partir d'un interrogatoire poussé sur vos habitudes de vie, il pourra vous aider à déterminer les causes de vos troubles. Il vous propose ensuite un ensemble de conseils personnalisés pour vous aider à retrouver une santé optimale.

En savoir plus

Un examen en laboratoire permet d'évaluer l'équilibre de la flore vaginale. Un échantillon de micro-organismes est prélevé et examiné au microscope. La quantité présente de bactéries détermine un score, appelé score de nugent, allant de 1 à 10.

Score de 0 à 3 : la flore vaginale est normale et comporte suffisamment de lactobacilles.
Score de 4 à 6 : la flore vaginale est dite intermédiaire. Les lactobacilles sont peu nombreux.
Score de 7 à 10 : les lactobacilles sont inexistants. La flore vaginale est composée d'une flore abondante d'agents pathogènes.

Les probiotiques sont des compléments alimentaires composés de micro-organismes vivants. Leur prise apporte un soutien temporaire visant à repeupler et rééquilibrer la flore intestinale. Dans l'idéal, il est préférable d'opter pour des probiotiques comportant un large éventail de bactéries. Ainsi, vous augmentez les chances de favoriser le développement des souches de bactéries qui composent votre flore. Pour vous aider à faire le bon choix, n'hésitez pas à demander conseil à votre praticien.

Zoom sur notre rédactrice spécialisée, Amandine GRANGER

Amandine est rédactrice spécialisée en santé naturelle. Passionnée par les médecines alternatives, elle se forme au métier de naturopathe. À travers ses articles, elle souhaite partager ses connaissances au plus grand nombre pour que chacun puisse apporter plus de bien-être et d’équilibre dans son quotidien.