Bien que généralement considérée comme sûre et bien tolérée, l'utilisation de la Mélisse comporte certaines contre-indications. Les femmes enceintes, allaitantes et les enfants de moins de 12 ans devraient s'abstenir d'en consommer, par mesure de précaution .
De même, les personnes atteintes d'hypothyroïdie pourraient être concernées par des contre-indications. En effet, des essais in vitro ont montré que l'extrait aqueux de Mélisse pourrait inhiber la TSH, une hormone qui stimule la glande thyroïde. Cependant, aucun effet indésirable de type thyroïdien n’a été décrit.
Il est aussi déconseillé de consommer la Mélisse lors de l'exécution de tâches à risques en raison de son activité sédative.
Enfin, un usage prolongé de la Mélisse est à éviter car elle peut freiner l'activité des glandes sexuelles.
Nous vous recommandons de consulter un professionnel de santé avant de commencer une prise de Mélisse, surtout pour les personnes concernées par ces contre-indications.