Bien que la spiruline soit généralement considérée comme sûre pour la plupart des gens, certaines personnes devraient éviter d'en prendre ou consulter un professionnel de la santé avant de le faire.
Les personnes allergiques aux fruits de mer ou sensibles aux algues peuvent réagir à la spiruline. De plus, les personnes présentant un terrain allergique ou une vulnérabilité musculaire ou hépatique, ou souffrant de phénylcétonurie, une maladie génétique rare, doivent éviter la spiruline en raison de sa teneur en phénylalanine. Les femmes enceintes ou allaitantes devraient également demander un avis médical avant de prendre des suppléments de spiruline.